Svante Pääbos gruppe i Leipzig har nu udvundet mtDNA fra en ca. 400.000 år gammel femurknogle fra Sima de los Huesos i Nordspanien. Lidt uventet fandtes, at DNA’et herfra var nærmest beslægtet med Denisova-mennesket og ikke med DNA fra neandertalere hvad man ellers ville have forventet ud fra fossilernes morfologi, der er præ-neandertaloid. Det meste af mtDNA genomet (16.302 baser) blev sekventeret. Resultatet er dog ikke noget bevis for, at Sima de los Huesos menneskene er tættere på Denisova-mennesket end på neandertalerne, idet mtDNA kun repræsenterer et individs maternelle linje og iøvrigt er meget udsat for genetisk drift. Pääbo anfører at tidligere publicerede fulde kerne-genomer fra neandertalere og Denisova-mennesket antyder, at de to havde en fælles forfar, der levede måske 700.000 år siden. Sima de los Huesos menneskene kunne derfor repræsentere en founder population (Homo heidelbergensis?), der en gang levede over store del af Eurasien og siden gav ophav til de to grupper. Neandertalerne kunne så siden have mistet mtDNA sekvensen ved drift.

Sima de los Huesos (“knoglehullet”) ligger 30 m under overfladen og 500 m fra den nuværende indgang. Luftfugtigheden er næsten 100 % og temperaturen konstant omkring 10,6 grader Celcius. Fossilerne har været uforstyrrede siden de blev aflejret. Derfor er de velbevarede, og derfor har det været muligt at udvinde DNA fra knoglerne. Der skulle dog hele 1,95 g knoglemateriale til for at udvinde DNA’et.