I 2013 lykkedes det at udvinde mitokondrie-DNA fra nogle af knoglerne fra Sima de los Huesos, Atapuerca, Nordspanien. Knoglerne er omkring 400.000 år gamle. Nu er det lykkedes at udvinde – meget små fragmenter, kun 25-40 bp lange – lidt af kerne-DNA’et fra samme knogler (en knogle fra benet og en tand) og at sekventere 1-2 millioner bp (0,05% af arvemasssen). Resultaterne viser, at Sima de los Huesos individerne er langt tættere beslægtet med neandertalere end med Denisova og Homo sapiens; faktisk er de (næsten) neandertalere. Resultaterne viser også, at Homo sapiens udskiltes fra den fælles forfar til neandertalere og Denisova for omkring 700.000 år siden, mens neandertallinjen og Denisovalinjen adskiltes for omkring 500.000 år siden. Men alligevel har de tre typer i en vis udstrækning kunne parre sig med hinanden (hvilket kan forklare, at der findes mitokondrie-DNA fra Denisova i Sima de los Huesos individerne).